TCGA癌症临床数据资源全面简述---癌症研究领域的全谱！

2006年，肾帕金森氏症基因示意图谱（The Cancer Genome Atlas, TCGA）构想以多形官能胶质母线粒体肿（GBM）、肾大块线粒体肾癌（LUSC）和卵巢粉末状官能囊腺肾癌（OV）开始月底末3年的试点建设项目，2009年~2015年年底展开。到建设项目据统计，TCGA网络研究工用上工用上者已描绘了33种肾帕金森氏症型式10,000余举例小儿变的小分子特点，并定义了很多小分子流感小儿毒。TCGA构成的针灸关键特点都是泛化的数据参考资料抽取。为确保恰当可用这些不具基因特点的海量针灸数据参考资料，近来TCGA完成一批重大成果，发所列在CellPress集团的刊物。

本文对4月底5日发所列Cell上的一文完成编译器。撰文阐述以OS（总生存期）、PFI（无实质官能之外距）、DFI（盖因之外距）和DSS（小儿症相关存留）为四个主要针灸结果起始站的TCGA泛肾帕金森氏症针灸数据参考资料天然资源（TCGA-CDR）标准规范化数据参考资料库，并说明新了每种肾帕金森氏症型式的起始站可用促请。TCGA针灸数据参考资料可从基因数据参考资料共享空之外（GDC）门户网站串流，所有的小分子数据参考资料在串流。针灸数据参考资料和小分子数据参考资料可用除此以之外的条码结构，便于小儿变的针灸参考资料和采样小分子数据参考资料紧密结合。

TCGA泛肾癌数据参考资料库缓冲区特点

示意图1A为针灸数据参考资料紧密结合和分析方法方法及4个主要针灸起始站为基础和审核的流程示意图,对33份初始登记和97份后续数据参考资料文件，共33种肾帕金森氏症型式111,60举例肾帕金森氏症小儿变的参考资料完成了补救问题。所列1为每个TCGA缓冲区的基本特点。按原发采样根据小分子特点选中的每个缓冲区，皮肤黑色素肿（SKCM）的原发和移出新灶两种型式都有，其它极少数的原发与移出新型式也有研究工用上。

示意图1. 针灸数据参考资料紧密结合和分析方法方法及4个主要针灸起始站为基础和审核流程示意图

所列1. TCGA 泛肾癌缓冲区特点

针灸结果起始站OS、PFI、DFI和DSS

总生存期（OS）很举足轻重，好处是定义OS惨剧时模糊官能最少。但可用OS用上起始站或许压制化学疗法，因为非肾癌小儿因比如说能反映出新生物学学、蹂躏官能或对之外科手术缓解。可用OS或无需更长的随访之外距时之外；很多针灸试验中的，通常采行相对来说随访之外距时之外更长的DFI或PFI。针对这两项TCGA针灸数据参考资料，要认清MLT-针灸随访之外距在蹂躏官能肾帕金森氏症型式结果的举足轻重官能，因为或许几年内就检视到针灸惨剧，在死亡年末已出新现小儿情复发或实质官能。对蹂躏官能强于的肾帕金森氏症型式，小儿变在数十乃至几十年后复发，随访期之外或许较难检视足够惨剧以支所持精确结果之外确实。该分析方法的意在是核查TCGA泛肾癌针灸检测的相对来说优势和极低，导师今后的分析方法和避免随访之外距之外距时之外极低等瑕疵。

分析方法全部TCGA针灸数据参考资料后，结论如下：在数据参考资料可获得时，OS、PFI及DFI相对来说精确，但多数意味著只能预估DSS。示意图1B为33种各不大致相同肾帕金森氏症型式的OS K-M直线。尽管生存分析方法不是TCGA主要期望，多数肾帕金森氏症型式生存直线与过去审核大致相同生存起始站的独立研究工用上不尽大致相同，GBM、OV（2008, 2011）和低层级胶质肿（LGG）（2015）的TCGA结果就是比较好范举例。PFI、DFI和DSS的K-M直线见示意图1C–1E。

示意图1 B-E针灸数据参考资料分析方法

基于每种肾帕金森氏症型式4个起始站的检视之外距时之外量化千分之随访之外距时之外及惨剧或核查的中的位之外距时之外（所列2）。所有的中的位随访之外距时之外为22.1个月底，但各不大致相同型式肾帕金森氏症该之外距时之外相异极大；GBM和急官能髓系白血小儿（LAML）最短约12个月底，而肾嫌色线粒体肾癌（KICH）最多约48个月底。

所列2 整体中的位随访之外距时之外及4个起始站的惨剧与检视中的位之外距时之外

破举例可用的针灸结果起始站

针灸结果起始站选择衡量研究工用上期望、惨剧无需求量、缓冲区大小和结果数据参考资料准确性。将这些方法和技术开发的其它方法用上为对单个小儿症数据参考资料库的验证和补充核查，说明新在每种小儿症型式中的可用每个结果起始站的促请及原因（所列3）。每种肾帕金森氏症型式的生存起始站无无需有数通过一个主要验证和补充核查才被放弃。33种肾癌中的的13种可用全部4个起始站：膀胱尿路上皮肾癌（BLCA）、之外阴大块线粒体肾癌（CESC）、结肠肾癌（COAD）、食管肾癌（ESCA）、头颈部大块线粒体肾癌（HNSC）、肾状线粒体肾癌（KIRP）、肾腺肾癌（LUAD）、LUSC、OV、胰腺肾癌（PAAD）、肉肿（SARC）、胃腺肾癌（STAD）和子宫内膜肾癌（UCEC）。相反，很难一个起始站的有嗜铬线粒体肿和副神经节肿（PCPG）。淋巴弥漫大B线粒体淋巴肿（DLBC）、LAML和胸腺肿（THYM）有数一个起始站；剩余肾帕金森氏症型式2或3个起始站，但其中的一些所持保留意见。最精确的是PFI，可无保留地破举例给除LAML（无数据参考资料）、DLBC和KICH（严肃可用）和PCPG（不破举例）之外的4种。

所列3 起始站OS,PFI,DFI及DSS的审核与破举例可用

证明TCGA-CDR及案举例技术的发展

在乳腺肾癌研究工用上中的，睾酮ER同义小儿变针灸生存期针灸表现比ER+小儿变更差。分别用OS、PFI、DFI和DSS尤其这两类小儿变的生存期（示意图3A–3D；直线据统计于10年随访之外距时之外，但可用整个数据参考资料库完成分析方法）。单主因分析方法说明了，可用PFI（p= 0.005）和DFI（p = 0.001）用上为针灸起始站，TCGA中的ER+乳腺肾癌小儿变比ER-小儿变有较好的生存期，但可用OS时两类小儿变之外不普遍存在相异(p = 0.097) 。此之外，两类小儿变的DSS（p = 0.009）有明显相异，说明DSS的潜在价值。以上挖掘出新属实了PFI和DFI是特定型式乳腺肾癌小分子研究工用上的合理起始站。

示意图3 证明和技术的发展范举例

此之外还证明了蹂躏官能GBM生存结果起始站。TCGA中的GBM中的位OS为12.6个月底，介于此年末报道的标准规范之外科手术的12.1个月底和标准规范之外科手术建立联系替莫唑胺的14.6个月底之之外。中的位PFI是6.1个月底，介于此年末报道的标准规范之外科手术5个月底和标准规范之外科手术建立联系替莫唑胺的6.9个月底之之外。毕竟，TCGA数据参考资料库OS和PFI惨剧之外距时之外与文献保所持一致。再次说明了OS和PFI用上为GBM小分子研究工用上的针灸起始站效度。

用Cox分之一或许会回归仿真确定高期（III、IV期）相对来说低期（I、II期）肾帕金森氏症小儿变的或许会比（HR），证明4个起始站的TCGA-CDR数据参考资料。由于DFI定义与其它结果的定义不保所持一致，对破举例可用OS、PFI和DSS的14种型式肾帕金森氏症尤其logHR（所列3）。随后有数对满足Cox分之一或许会假定的小儿症完成粗略预估（示意图3E–3G）。结果说明，14种型式肾帕金森氏症中的，除之外皮肿（MESO）、PAAD和葡萄膜黑色素肿（UVM）之外，高期对比低期HR在3个破举例起始站OS、PFI及DSS上微小毕竟低。采行筛选采样的Wilcoxon秩和检验，当可用PFI与DSS（p = 0.0008）或PFI与OS（p = 0.039）测量时，logHR有明显相异，说明了小儿症实质官能和生存起始站在HR上普遍存在控制系统偏离；OS与DSS之之外很难明显相异（p = 0.106）。对2个logHR值的标准规范误完成自是加权千分之确定Pearson相关系数， 由logHR预估的3种结果有极明显正相关：PFI和OS相关系数0.96（95%置信区之外[CI]：0.77–0.99），PFI和DSS为 0.95（95%置信区之外：0.76–0.99），OS和DSS为0.90（95%置信区之外：0.61–0.98）。这些相异官能潜在支所持针灸早期用PFI，后期用OS和DSS好好起始站。

除了紧密结合小分子数据参考资料，还尝试分析方法首次之外科手术后无患小儿与非无患小儿确实出新现各不大致相同的新惨剧。TCGA-CDR中的29类肾帕金森氏症接收者用于补救该疑问，设为小儿变从诊断到完成首治并超出盖因状态有数存留3个月底。以LUSC为举例，有289举例无患小儿和41举例一直非无患小儿，NTE率分别为21.8%和68.2%。用Cox分之一或许会回归仿真，挖掘出新在非无患小儿中的NTE或许会明显较差无患小儿（HR = 6.68，95% CI = 4.25–10.51，FDR调整q值＜0.05）。在另之外21种肾帕金森氏症型式中的也有相同结果（所列4）。余下7种中的很难检视到这些相异。我们也在审核确实每个仿真都满足分之一或许会假定，其中的有两个不符合标准，无无需研究工用上之外距时之外依赖性及多变量仿真来寻找原因。

所列4 非盖因与无患小儿NTE发展对比

TCGA从全球性数百个接入抽取小儿症，为补救针灸数据参考资料各不大致相同接入之外的可比官能，无需权衡数据参考资料完整官能、和小儿变特点等。对每种小儿症而言，我们对比了年末两名提之外者小儿症数最多的组织来源接入（TSS）与所有其它TSS的同种小儿症及4个结果起始站（所列5）。

所列5 对来自年末两位TSS的每个肾帕金森氏症型式研究工用上结果完成尤其

对于GBM等极不具蹂躏官能的，年末两位TSS（#1和#2）的得小儿一些人与其它TSS相对来说相同的有OS、PFI和DSS，因惨剧毕竟少较难分析方法不破举例DFI好好起始站。BRCA等较差蹂躏官能，强力破举例可用PFI和DFI，但促请严肃用OS或DSS审核。TSS #1的针灸数据参考资料产生不毕竟好的OS和DSS，但很难检视到PFI相异；另之外，所列面上TSS#1有较好的DFI结果，有数出新现3举例 DFI惨剧。这种所列里不一的物理现象说明该接入的结果数据参考资料无需进一步审核。另一特别，TSS #2的4个起始站结果与其它地方保所持一致。

这个简便的结果尤其说明，当从特定结果分析方法整体TCGA的针灸数据参考资料时，无无需权衡TSS的不实际接收者。由于年龄、已确定/标准及之外科手术等主因严重影响各不大致相同TSS患小儿一些人的起始站结果，TSS可以用上为这些和不完全针灸正文等其它未测量相异的替代。

潜在的比如说主因、垄断结果的

或许会及仿真假定

对针灸生存起始站分析方法来说，促请可用所补救问题的全部针灸数据参考资料。但相对来说小分子/基因数据参考资料的紧密结合分析方法，要同样两个特别。首先，破举例意见基于弧生存仿真，以小分子流感小儿毒用上预测位点分割采样集，有或许损害结果粗略预估的明显官能相异。因此，从相关联的TCGA小分子数据参考资料或流感小儿毒TCGA-CDR结果数据参考资料中的推论新的结论无需在独立的数据参考资料库中的进一步属实。

第二，我们促请有数可用原发的小分子数据参考资料，因为小儿变初诊时，举足轻重之外距时之外接收者等意味着的针灸数据参考资料已抽取相对来说完整。皮肤黑色素肿（SKCM）在TCGA型式中的并不相同，470举例中的有数103举例原发，其余296举例为原发大面积黏膜移出新，68举例远端移出新。这与并不少抽取到移出新肿的其它TCGA肾帕金森氏症型式形成鲜明对比。SKCM移出新肿并不少不有着意味着的原发，而其它TCGA肾帕金森氏症型式尽管并不少有移出新肿，但都不有着意味着的原发采样。因此，对于SKCM结果的相异官能，促请只可用极少无需求量的原得小儿症，尽管SCKM黏膜移出新的III期小儿症可用上为独立中三完成研究工用上。

在可用新紧密结合的TCGA-CDR数据参考资料库时，还无无需同样：潜在混淆主因、垄断结果的或许会及仿真假定。

比如说主因

比如说主因普遍存在但被除去在仿真之之外时，偏离或许高估或显然真实。如在乳腺肾癌的群体相异研究工用上中的，有色人种与群体歧视小儿变之之外普遍存在举足轻重的基因所列达相异，然而根据小分子流感小儿毒完成调整后，这种相异明显提高甚至绝迹。治果也是潜在的比如说主因，当接收者可获取时应适当权衡调整。之外科手术较难确定时，年龄、诊所医院及诊断往年等标准规范之外科手术用上为替代接收者能提高部分误更差。对这特别的协调建模，激励可用遥相呼应针灸表现研究工用上促请简报（REMARK）。

垄断结果的或许会

测定DSS、DFI和PFI起始站时，要对很难经历举足轻重惨剧且盖因的死亡小儿变完成审查。在这种意味著，如果假定小儿变很难其它小儿因，那她/他就此仍或许死于肾帕金森氏症指征。然而，在预估之外科手术等预测位点对继发官能肾帕金森氏症或帕金森氏症等非指数肾帕金森氏症死亡或许会的预测控制能力时，该假定并不可取。

仿真假定

技术的发展Cox分之一或许会（PH）仿真才会核查PH假定。除少数案举例之外，大多数仿真都满足Cox PH假定，但无需进一步冒险这些爱滋小儿以推断出新违背假定的原因，从而对HR好好出新更准确的预估。尽管并未为修整数据参考资料和补救疑问付出新了非常大努力，但仍普遍存在举足轻重的可用限制，访问TCGA针灸数据参考资料都才会了解到这些限制。

首先，TCGA主要是为小分子研究工用上设计者，最初小儿症选择来自多个政府机构不有着合理库存组织的未之外科手术原得小儿症，因此这些小儿症不组合而成连续官能。此之外，对于每种各不大致相同型式/研究工用上，随访数据参考资料很难统一抽取。同时，针灸数据参考资料抽取的一些规则在过去不得不随着之外距时之外的变长而偏离。TCGA - CDR不构成肾帕金森氏症之外科手术历史学者，并非所有小儿症都被正文。因此，分析方法特定型式或流感小儿毒的之外科手术背景比不上统计资料官能泛肾癌分析方法。当小儿变完成不实际之外科手术时，受益都能DFI和PFI起始站有效分析方法。

其次，TCGA采样针灸随访根据当地的所医院的之外距时之外所列，或许为小儿症或特定肾脏的复发和小儿患举足轻重生命状态的记录，因此很难TCGA指定的针灸随访构想，有数说明新建设项目主要强调的小分子特点。

最终，大部分所有TCGA获得的采样和基因及小分子数据参考资料来自新诊小儿变原发的单个切开，由此产生的基因和小分子数据参考资料不可在空之外或之外距时之外任何特别明确脱逃都是另一小儿变结果变量的异质官能。该疑问不是TCGA独有的，任何静态继发官能研究工用上都普遍存在。

未来

这项工用上是有历史学者以来第一次年底控制系统化补救问题TCGA泛肾癌针灸参考资料。由此产生的TCGA-CDR的结果起始站与独立非TCGA研究工用上结果保所持一致，说明该天然资源在空年末数量的针灸尺度上提之外者了生物学观测新视角。也要认清TCGA-CDR的内在可用上都及关键官能导师和破举例意见。并未并不明晰，人类文明小儿症将来大数量的小分子研究工用上才会控制系统化抽取针灸小儿理、之外科手术和重设惨剧数据参考资料，以坚所持最高标准规范的化学疗法。尽管有其上都，TCGA-CDR提之外者了标准规范化数据参考资料库，以及明晰的4个针灸结果起始站导出新，并补救了准确性疑问，从而在泛肾癌和群体低水平上完成转变成研究工用上。将来数据参考资料研究工用上的融合将提高结果之之外的可比官能，较好地说明了和支所持重复。

参考参考资料

An Integrated TCGA Pan-Cancer Clinical Data Resource to Drive High-Quality Survival Outcome Analytics